knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX121278.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M00713

4 Motif M00451

5 Motif M01122

6 Motif M00084

7 Motif M01175

8 Motif PBM0162

9 Motif PBM0145

10 Motif PBM0087

11 Motif M01525

12 Motif M00041

13 Motif M01251

14 Motif M00778

15 Motif M01259

16 Motif M01182

17 Motif MA0119.1

18 Motif M01196

19 Motif M01951

20 Motif M01935

21 Motif M01113

22 Motif M00799

23 Motif M00217

24 Motif M01699

25 Motif M00237

26 Motif PBM0203

27 Motif M00428

28 Motif M01096

29 Motif M00986

30 Motif M00491

31 Motif M01639

32 Motif M01241

33 Motif M00108

34 Motif M01714

35 Motif M01550

36 Motif M01610

37 Motif M00244

38 Motif M01509

39 Motif PBM0095

40 Motif PBM0126

41 Motif PBM0104

42 Motif PBM0103

43 Motif PBM0132

44 Motif PBM0135

45 Motif PBM0116

46 Motif M01167

47 Motif M01940

48 Motif M01700

49 Motif M01961

50 Motif M01104

51 Motif M00654

52 Motif M01559

53 Motif M01903

54 Motif M01629

55 Motif M01002

56 Motif M00730

57 Motif M00920

58 Motif M00797

59 Motif M01597

60 Motif PBM0113

61 Motif M00806

62 Motif M00193

63 Motif MA0117.1

64 Motif M00712

65 Motif M00466

66 Motif M00976

67 Motif M01636

68 Motif M01220

69 Motif M01924

70 Motif M00752

71 Motif PBM0120

72 Motif PBM0105

73 Motif PBM0094

74 Motif PBM0114

75 Motif PBM0107

76 Motif PBM0130

77 Motif PBM0129

78 Motif PBM0128

79 Motif PBM0119

80 Motif PBM0100

81 Motif PBM0110

82 Motif PBM0121

83 Motif PBM0101

84 Motif PBM0097

85 Motif M02039

86 Motif M02037

87 Motif M01989

88 Motif M01987

89 Motif M01982

90 Motif M01981

91 Motif M01979

92 Motif M01976

93 Motif M01975

94 Motif M00032

95 Motif M01990

96 Motif M01986

97 Motif M00262

98 Motif M01660

99 Motif M01243

100 Motif M01114

101 Motif M01530

102 Motif M00940

103 Motif M00939

104 Motif M01492

105 Motif PBM0083

106 Motif M01118

107 Motif M00263

108 Motif PBM0077

109 Motif M01843

110 Motif M01609

111 Motif M00049

112 Motif M00516

113 Motif M00916

114 Motif M01820

115 Motif M00917

116 Motif M00113

117 Motif M00017

118 Motif PBM0085

119 Motif PBM0082

120 Motif M01613

121 Motif M01635

122 Motif M01649

123 Motif MA0093.1

124 Motif M01050

125 Motif M01512

126 Motif PBM0072

127 Motif M00765

128 Motif M00763

129 Motif M00762

130 Motif MA0115.1

131 Motif M00691

132 Motif M00512

133 Motif M01782

134 Motif M01198

135 Motif MA0017.1

136 Motif M00158

137 Motif M01634

138 Motif M00345

139 Motif M00649

140 Motif M00470

141 Motif M00698

142 Motif M00440

143 Motif M00944

144 Motif M00361

145 Motif M01852

146 Motif M00373

147 Motif M01972

148 Motif M00243

149 Motif M00054

150 Motif M01947

151 Motif M01648

152 Motif M00720

153 Motif M00697

154 Motif M00694

155 Motif M00036

156 Motif M01862

157 Motif M01586

158 Motif M00513

159 Motif M00338

160 Motif M01863

161 Motif M01187

162 Motif M01186

163 Motif M00179

164 Motif M00178

165 Motif MA0018.2

166 Motif M01861

167 Motif M00981

168 Motif M00946

169 Motif M00375

170 Motif M00039

171 Motif M00514

172 Motif M00766

173 Motif M00121

174 Motif PBM0198

175 Motif PBM0181

176 Motif M00369

177 Motif M00366

178 Motif M01584

179 Motif M01577

180 Motif M00236

181 Motif MA0104.2

182 Motif MA0059.1

183 Motif MA0024.1

184 Motif M00739

185 Motif M00738

186 Motif M00737

187 Motif M00736

188 Motif M00431

189 Motif M00427

190 Motif M00426

191 Motif M00050

192 Motif M01958

193 Motif M00936

194 Motif M00376

195 Motif M01816

196 Motif M00740

197 Motif M01068

198 Motif M01587

199 Motif M01111

200 Motif M00492

201 Motif M00918

202 Motif M00014

203 Motif M01925

204 Motif M01643

205 Motif MA0039.2

206 Motif MA0088.1

207 Motif M00425

208 Motif PBM0172

209 Motif PBM0171

210 Motif M01946

211 Motif M00069

212 Motif M01503

213 Motif M01970

214 Motif M01927

215 Motif PBM0013

216 Motif M01558

217 Motif PBM0200

218 Motif M01818

219 Motif M01793

220 Motif M00796

221 Motif M00945

222 Motif M00371

223 Motif M00370

224 Motif M00220

225 Motif M00660

226 Motif M01742

227 Motif M00134

228 Motif M01681

229 Motif M01035

230 Motif M01752

231 Motif M00064

232 Motif PBM0191

233 Motif PBM0176

234 Motif MA0138.2

235 Motif M01256

236 Motif M00325

237 Motif M00256

238 Motif M01028

239 Motif MA0139.1

240 Motif M01200

241 Motif M01650

242 Motif M01911

243 Motif M00687

244 Motif M00973

245 Motif M00001

246 Motif M01513

247 Motif M01962

248 Motif M00245

249 Motif M00246

250 Motif M01065

251 Motif PBM0031

252 Motif M01642

253 Motif M01916

254 Motif M00652

255 Motif M01571

256 Motif M01641

257 Motif MA0007.1

258 Motif M01744

259 Motif M00666

260 Motif M00651

261 Motif M00281

262 Motif M00024

263 Motif M01567

264 Motif M01511

265 Motif M01662

266 Motif M01548

267 Motif M00279

268 Motif MA0003.1

269 Motif M00469

270 Motif M00320

271 Motif M01308

272 Motif PBM0081

273 Motif M01298

274 Motif M01583

275 Motif M01938

276 Motif M00788

277 Motif M00443

278 Motif M01116

279 Motif M01909

280 Motif M01682

281 Motif M00693

282 Motif PBM0156

283 Motif PBM0140

284 Motif M01054

285 Motif M00993

286 Motif M01960

287 Motif M00175

288 Motif PBM0079

289 Motif M00696

290 Motif M01017

291 Motif M00210

292 Motif M00280

293 Motif PBM0005

294 Motif M01779

295 Motif M01768

296 Motif M00070

297 Motif M00065

298 Motif MA0058.1

299 Motif M00394

300 Motif M00930

301 Motif M00795

302 Motif M01749

303 Motif PBM0133

304 Motif M00404